Nejdůležitější indiánské jazyky, kterými se dnes mluví ve středních Andách, jsou bezpochyby kečuánština a aymarština. Jsou to mateřské jazyky většiny (aspoň do nedávné doby) venkovského obyvatelstva horských oblastí, především v Peru, Bolívii a Ekvádoru. Oba jazyky jsou si navzájem podobné, jak po morfologické stránce, tak po fonologické a fonetické.
Kromě těchto jazyků, řekněme hlavních, se zde mluví nebo mluvilo také jinými jazyky. V peruánském departamentu Lima zůstávají dva ostrůvky jazyků podobných aymarštině, kawki a jaqaru, a nedaleko jezera Titicaca žijí poslední mluvčí jazyků uru a chipaya. V amazonském pralese nacházíme bezpočet indiánských jazyků, které patří hlavně k jazykovým rodinám nebo skupinám pano, arawak, jíbaro aj. V minulosti se mluvilo i jinými jazyky, dnes mrtvými, jako jazyk Močiků nebo puquina. Existují také dva smíšené jazyky. Podle kronikářů prý před expanzí kečuánštiny měla každá obec svůj vlastní jazyk.
Jazyková rodina uru-chipaya
V rámci jazykové rodiny uru-chipaya máme dva živé jazyky. Uru (urujština) je jazyk téměř vymřelý; v roce 2000 zbývali pouze dva mluvčí a 142 etnických Urů, kteří mluvili španělsky nebo aymarsky. Uruové žijí při jižním břehu jezera Titicaca, v oblasti, kde z jezera vytéká řeka Desaguadero, a jižně od bolivijského jezera Poopó. (Viz Ethnologue)
Jazykem chipaya (čipajština) mluví přibližně 1200 osob (etnické obyvatelstvo v roce 1995 bylo 1800) v provincii Atahuallpa (bolivijský departament Oruro), na západ od jezera Poopó. Také bývá někdy nazýván puquina (jedná se o jiný jazyk než vymřelý neklasifikovaný jazyk puquina). Používání čipajštiny je dost živé (při náboženských obřadech, ve školství) a postoje k jazyku jsou pozitivní. Mluvčí čipajštiny mluví také španělsky a/nebo aymarsky. (Viz Ethnologue)
Jazyková rodina aymara
Jazyková rodina aymara má dva nebo tři členy: vlastní aymarštinu (se dvěma dialekty nebo jazyky), kterou se mluví okolo jezera Titicaca, a jaqaru a kawki (ten může být dialektem jaqaru), kterými se mluví v peruánském departamentu Lima. Počet mluvčích jazyků jaqaru a kawki se blíží tisícovce a počet aymarsky mluvícího obyvatelstva se odhaduje na něco přes dva milióny. Aymarská jazyková rodina se také nazývá aru nebo jaqi. Protože kečuánština a aymarština mají mnoho společných rysů, je možné, že mají společný původ, a pak by bylo možné mluvit o jediné jazykové rodině: quechumara. Více informací je v textu o aymarštině.
Jazyková rodina quechua
Kečuánská jazyková rodina zahrnuje několik desítek kečuánských dialektů nebo jazyků, které se dělí na dvě základní skupiny. Nářečími první skupiny se mluví ve středním Peru a velmi se liší jak mezi sebou, tak od dialektů druhé skupiny, kterými se mluví v horách Ekvádoru, Peru, Bolívii a severozápadu Argentiny. Kečuánština byla správním jazykem incké říše a dodnes jí mluví okolo deseti miliónů osob. Více informací je v textu o kečuánštině.
Smíšené jazyky
Takzvaná media lengua („poloviční jazyk“, „polojazyk“) je jazykem asi tisícovky osob (v roce 1999) v několika málo obcích v Ekvádoru. Má kečuánskou gramatiku a španělskou slovní zásobu. (Viz Ethnologue)
Callahuaya (nebo callawalla, kallawajština) je smíšený jazyk se syntaxí a sufixy kečuánštiny a slovní zásobou vymřelého jazyka puquina. Používá ho pouze jako druhý (nemateřský) jazyk 10 nebo 20 (údaje z roku 1995) lidových léčitelů v horách na sever od La Pazu. Mluvčí jsou pouze muži léčitelé; ženy a děti mluví španělsky, kečuánsky nebo aymarsky. (Viz Ethnologue)