Valná část dopravy v Amazonii se uskutečňuje po řekách. Pouze větší města mají svá letiště. Lodní dopravu na Amazonce a jejích přítocích zprostředkovávají větší společnosti, zatímco menší komunity si ji zajišťují samy (viz obrázek). Mezi některými komunitami existují i pozemní stezky pralesem.